Auf vier Kriegsschauplätzen hatte sich Johannes Krüger für die Nationalsozialisten während des Zweiten Weltkriegs verdient gemacht. Der Vater zweier Kinder war bereits in der Zwischenkriegszeit erst dem Freikorps Halle und und dann dem Stahlhelm beigetreten. Als überzeugter Nationalsozialist und NSDAP-Mitglied stieg er in der Wehrmacht schnell auf. Im Führungsstab der 56. Infanterie Division nahm er 1939 am Überfall auf Polen teil. Von Schlesien aus rückte seine Division ins ostpolnische Przemyśl am San vor und besetzte die Stadt. Angehörige der SS und Wehrmacht verübten dort wenig später das größte Massaker an Juden während des Polenfeldzugs. Ende September zogen sich die Deutschen gemäß der deutsch-sowjetischen Teilungspläne hinter den San zurück. Krügers Division war dann mit der „Sicherung der eroberten Gebiete“, die „judenfrei“ gemacht werden sollten, beauftragt. Mit äußerster Brutalität ging die Wehrmacht gegen die jüdischen Gemeinden nahe der Demarkationslinie vor und trieb über 18 000 Jüdinnen und Juden, die man zuvor beraubt hatte, gewaltsam über den San. Im Frühjahr 1940 wurde die Division schließlich in den Westen verlegt, wo sie im Rahmen der Militäroffensive gegen Frankreich die Niederlande und Belgien überfiel und besetzte.
Wegen einer Herzerkrankung wurde Krüger nach einem mehrmonatigen Lazarett-Aufenthalt Anfang 1941 vorerst in die Wehrmachtskommandantur Dresden versetzt. Für den Balkanfeldzug kommandierte man den Ergänzungsoffizier Ende März 1941 jedoch wieder zum Führungskorps der 2. Armee. Am 6. April 1941 griff diese ohne vorherige Kriegserklärung oder Ultimatum von Österreich aus - gemeinsam mit der aus Bulgarien operierenden 12. Armee - Jugoslawien an und nahm Belgrad ein. Auf Hitlers Befehl hin wurde die Stadt zuvor durch anhaltende Luftangriffe, bei denen tausende Menschen starben, zum Großteil zerstört. Wie zuvor schon in Polen ging die Wehrmacht auch im besetzten Jugoslawien mit erbarmungsloser Härte gegen Zivilisten vor. Juden und Roma waren dabei unter den Ersten, die von deutschen Truppen ermordet wurden.
Am 1. August 1941 kam Krüger zum Generalstab der 4. Armee nach Russland. Der Krieg gegen die Sowjetunion stellte auch für die Wehrmacht in jeder Hinsicht einen Zivilisationsbruch dar. Im sogenannten Vernichtungskampf gegen den Bolschewismus und das Judentum sollten Millionen Sowjetbürger*innen versklavt oder ermordet werden. Neben Juden gehörten Politoffiziere, Funktionäre und Kommunisten zu den ersten Opfern von Wehrmacht und Sicherheitsdienst.
Im Frühjahr 1942, als Krüger wegen seines Herzleidens nach Dresden zurückversetzt wurde, waren bereits zwei Millionen sowjetische Kriegsgefangene in deutscher Hand gestorben. Oberstleutnant Krügers Vorgesetzter quittierte ihm später in Dresden „umfassende Kenntnisse im Kriegsgefangenenwesen“. Bis zu seinem Tod am 13. Februar 1945 befehligte er in Dresden als stellvertretender Kommandeur die Kriegsgefangenen im Wehrkreis IV.